飛行艇の搭乗員を大量養成するため、日本海軍は昭和14年1月に愛知航空機に対して十三試小艇の試作を命じた。愛知では森盛重技師を設計主務者として、試作機開発にあたった。
しかし、重量過大、重心位置の不良、水上での操縦性不良など多くの問題が指摘され、練習用としては使用不可能とまで評価された。これに対し愛知では細かい改修を続け、最終的には主翼の翼幅と面積を拡大することで欠点がほぼ解決したことから、昭和17年2月に二式練習用飛行艇として制式採用された。
制式採用後は当初の目的ではあまり使用されず輸送・連絡等の雑務に使用された。太平洋戦争の末期には対潜水艦用の装備を行い、近距離の哨戒機として有能であったため終戦まで利用された。
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